Skuodo rajono savivaldybės teritorijoje esanti BAST Luobos upė (LTSKU0005) yra išskirta saugoti skaitlingas paprastųjų kūjagalvių ir ūdrų populiacijas. Jos plotas – 458 ha.

     Plyti Skuodo rajone, užima 253,79 hektarų plotą. Įsteigtas 1992-09-24, siekiant išsaugoti Laumių mišką su retų augalų ir gyvūnų rūšimis. Priskirtas Natūra 2000 dėl tarpinės pelkės ir liūnų, vakarų taigos, žolingų eglynų, pelkėtų lapuočių miškų požymių ir gyvenančio skiauterėtojo tritono.

     Skuodo rajono savivaldybės teritorijoje esantis Gėsalų geomorfologinis draustinis yra įsteigtas 1992 metais siekiant išsaugoti išsaugoti Vakarų Kuršo aukštumos moreninio kalvyno fragmentą. Draustinio plotas – 325 ha, jis apima visą Viršilų pušyną.

    Margininkų botaninis – zoologinis draustinis įsteigtas 1302 ha Skuodo rajono savivaldybės teritorijoje Margininkų pušyno; Šventosios paupių augalijai bei savitai gyvūnijai išsaugoti. Draustinyje esančiose pievose aptinkamos į Raudonąją knygą įrašytos rūšys: melsvasis mėlitas, baltijinė gegūnė, raudonoji gegūnė, dėmėtoji gegūnė.

Draustinyje yra 1030 ha miškų, iš kurių 869 ha yra valstybinės reikšmės. Miškai priskirti II miškų grupei ir yra Lenkimų girininkijos teritorijoje.

    Draustinio tikslas išsaugoti Apšės upės pietinį apyslėnį su buvusiais senvagės duburiais bei natūraliomis pievomis, kuriose gausu retos ir nykstančios augmenijos (mažoji ir vyriškoji gegužraibės, dvilapė blandis ir kt.) bei gyvūnijos (kamanės, juodasis apolonas irk t.)

    Apuolės kraštovaizdžio draustinis įsteigtas Skuodo rajono savivaldybės teritorijoje. Jis užima 314 ha teritoriją, iš kurios 220 ha sudaro miškai, 209 ha – medynai (visi draustinio miškai yra privačioje nuosavybėje). Draustinyje yra saugomas raiškus Luobos upės slėnio kraštovaizdis su archeologijos paminklais. Draustinis priskirtas II miškų grupei.

     PAST Erlos ir Salanto upių senslėniai (LTSKUB002) plyti Skuodo rajono savivaldybės Mosėdžio seniūnijoje ir Kretingos rajono savivaldybės Salantų, Imbarės ir Kūlupėnų seniūnijose. Jos plotas – 1463,10 ha. Teritorija prasideda maždaug 3 km į šiaurės rytus nuo Kūlupėnų kaimo ir driekiasi šiaurės kryptimi apie 21 km pro Salantus iki pat Mosėdžio miestelio. Teritorija apima Salanto upės žemupio slėnį, Erlos upės slėnį bei apie 3 km ilgio Šakalės upelio slėnį. Salanto upės vaga natūrali, tuo tarpu Erlos ir Šakalės vagos teritorijos ribose yra sureguliuotos. Be to, teritorijoje gausus sausinimo kanalų tinklas.

     PAST Erlos ir Salanto upių senslėniai yra įsteigta griežlių apsaugai.

    Gamtinių buveinių apsaugai svarbi teritorija išskirta dėl saugomų Eutrofinių aukštųjų žolynų (preliminarus buveinės plotas 42,4 ha) ir aliuvinių pievų (42,4 ha). Jis patenka į Margininkų botaninį zoologinį draustinį.

     Bendrieji veiklos reglamentai: LRV 2004-03-15 nutarimo Nr. 276 „Dėl Bendrųjų buveinių ar paukščių apsaugai svarbių teritorijų nuostatų patvirtinimo" (Žin, 2004, Nr. 41-1335; 2006, Nr. 44-1606).

     BAST Rimšinės miškas (LTSKU0004) yra Skuodo rajono savivaldybės Mosėdžio seniūnijos teritorijoje. Visa BAST patenka į Salantų regioniniame parke esantį Šauklių kraštovaizdžio draustinį. Jos plotas – 26 ha. Teritorija įsteigta 9160 Skroblynų apsaugai. Šio tipo buveinė užima apie 16 ha.